Fungisidit luokitellaan käyttötavan mukaan

1. Suoja-aine
Ennen kuin patogeeniset mikro-organismit joutuvat kosketuksiin kasvin kanssa tai upottavat kasvin, kasvi tai ympäröivä ympäristö käsitellään lääkkeellä, joka estää patogeenisten itiöiden itämisen tai tappaa itäneet patogeeniset itiöt kasvin suojaamiseksi sen vaurioilta. Tätä vaikutusta kutsutaan suojavaikutukseksi. Aineet, joilla on tämä vaikutus, ovat suojaavia aineita. Kuten Bordeaux-seos, sinkkisinkki, kuparisulfaatti, vihreä maitokupari, mankotsebi, klooritaloniili ja niin edelleen.
2. Terapeuttiset aineet
Terapeuttisen aineen patogeeniset mikro-organismit ovat tunkeutuneet kasviin, mutta kasvissa on oireita ja se on itämisvaiheessa. Lääke tunkeutuu kasvikudokseen kasvin epidermiksestä ja tappaa tai estää taudinaiheuttajaa transduktion, diffuusion tai aineenvaihduntatuotteiden tuotannon kautta, jotta sairas kasvi ei enää kärsi ja palauttaa terveyden. Aineita, joilla on tämä terapeuttinen vaikutus, kutsutaan terapeuttisiksi tai kemoterapeuttisiksi aineiksi. Kuten tiofanaattimetyyli, karbendatsiimi, kasugamysiini ja niin edelleen.
3. Hävitysaine
Hävittäjäaineet viittaavat taudinaiheuttajiin, jotka voivat suoraan tappaa kasveihin tunkeutuneita taudinaiheuttajia, kun niitä käytetään kasvien tartunnan jälkeen. Aineet, joilla on tällainen hävittämisvaikutus, ovat hävittäjiä. Kuten tiraami, natriumpentakloorifenaatti, kalkkirikki ja niin edelleen.